علی الهی خراسانی، شاگرد علم‌الهدی در گفت‌وگویی با مجله «روبه‌رو» مدعی شده است: «آقای علم‌الهدی در جلسه‌ای خصوصی می‌گفت من هر روز می‌روم حرم و گاهی احمدی‌نژاد را لعن می‌کنم؛ البته مواضع علنی ایشان شاید به این غلظت نباشد.  

می‌گفت اگر امر دایر شود، بین احمدی‌نژاد و اصلاح‌طلبان، باید همه به اصلاح‌طلبان رأی بدهیم؛ چرا‌که مشکل ما با اصلاح‌طلبان، سیاسی است؛ اما با احمدی‌نژاد، اعتقادی.»  

وی افزوده است: "وقتی احمدی‌نژاد پیوندش با مشایی علنی شد، آقای علم‌الهدی جزو معدود کسانی بود که با اینکه بشدت پر و بال به او داده بود و مانند خیلی‌ها اعتقاد داشت احمدی‌نژاد مجری منویات رهبری است، خیلی زود علیه او موضع گرفت. 

خب اینها خسته شده بودند. احساس کردند 16 سال را از دست داده‌اند.  وقتی احمدی‌نژاد آمد و آنقدر مخلص و خاکی بود، دیدند کسی آمده که مایه امیدواری است؛ اما فکرش را هم نمی‌کردند آن ماجرای قهر 11 روزه پیش بیاید. الان آقای علم‌الهدی نظرش این است که احمدی‌نژاد و مشایی مبانی‌شان را از سید‌حسین نصر گرفته‌اند و خارج از مسیر ولایت هستند."